令和2年度熊本県医療機関における新型コロナウイルス感染拡大防止等支援事業費補助金を申請し受給した事業所は、仕入控除税額報告書の提出が必要となります。
税制上補助金は特定収入である為、消費税を含む補助金の交付を受けた場合、当該補助金は預かり消費税の対象とはなりません。従って、補助事業で支出した消費税を含めた仕入税額控除を受けた場合、自らが支払っていない消費税の仕入税額控除を受けたこととなり、当該仕入控除税額分の補助金を返還する必要があります。
返還額については、消費税申告義務の有無、選択している消費税額計算方法や補助対象経費の内容によって変動します。
≪仕入控除税額がない場合⇒返還額0円で報告が必要≫
●消費税の申告義務がない又は、簡易課税方式により申告している
●補助対象経費が人件費等の非課税仕入となっている など
≪仕入控除税額がある場合⇒返還額を算出し報告が必要≫
●本則課税方式を採用し、控除税額の計算方法で全額控除・一括比例配分方式・個別対応方式で申告している
※選択している方式によって、返還額算出方法が異なります。
ある診療所を例にすると、個別対応方式を選択し、課税売上割合が53％の事業所が100万円受給した場合、約4万８千円が返還となります。
交付確定通知書を受理し、確定申告が終了している場合、速やかに報告書の提出が必要です（遅くとも令和4年６月３０日迄）。
参考：熊本県医療政策課HP 医療機関における感染拡大防止等支援事業について
（https://www.pref.kumamoto.jp/soshiki/42/51691.html）
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