令和5年10月から、消費税のインボイス制度が始まります。医療機関では、社会保険診療収入が非課税であるため、消費税免税となっている医療機関も多いと思います。しかし、社会診療収入以外の収入が多く、消費税課税事業者となっている医療機関もあるでしょう。特に、基準期間（2年前）の課税売上が5千万円を超えると簡易課税を選択できず、本則で消費税を計算している医療機関もあります。
消費税免税事業者になっている医療機関だけでなく、消費税課税事業者となっている医療機関でも、「インボイス（適格請求書）を発行するために必要な事業者登録の申請を行うかどうか」を検討する必要があります。
検討する上での重要な要素は、サービスの提供先が「事業者」であるか「消費者」であるかです。大半のサービスの提供先が「消費者」である場合は、インボイスの発行を求められる機会は少ないでしょう。サービスの提供先が「事業者」である場合は、インボイス発行を求められる可能性があります。
医療機関の事業者に対する課税売上としては、企業から社員の健康診断や予防接種などを受託している場合や企業が費用を負担して社員に業務上の必要な検査を受けさせているケースなどあります。
医療機関がインボイスの登録を行った場合は、インボイス（適格請求書）の要件にあった請求書、領収書の発行が義務付けられます。レジシステムなどの対応が必要になるでしょう。
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