医療機関では、消費税が免税となっている方も多いと思われます。社会保険診療報酬や自賠責による収入が主な医療機関ですと、社会保険診療収入などが消費税の非課税にあたり、課税売上高が1000万円以下となり消費税免税となるからです。
令和5年（2023年）10月から、消費税のインボイス制度が始まります。それに伴い、一般の消費税の免税事業者は、課税事業者となってインボイスの登録をするか、免税事業者のままインボイス登録をしないか、の問題に直面しています。
免税事業者である医療機関の対応ですが、免税事業者のままインボイス登録をしない方が多いと思われます。その理由は、消費税の課税対象外である非課税取引が多いことと、事業の取引相手がほぼ消費者（納税義務のない最終消費者）でインボイスを求められないことがあります。
ただし、社会保険診療報酬などの非課税取引以外の収入が多い方、企業健診など事業者との取引が多い医療機関は、インボイスの登録をするしないを再確認しておいたほうが良いでしょう。
また、インボイス制度が始まったならば、企業から問い合わせがあることも考えられますので、インボイス登録している、していないという立場を説明できるようにしておきましょう。
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