国税庁は6月22日、「国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するFAQ」の問14-3《医療機関が受領するワクチンの接種事業に係る委託料の消費税の取扱い》を新規に追加しました。
①内容新型コロナウイルス感染症に係るワクチン接種事業に関し、市町村と医療機関との間でワクチン接種事業の委託契約を締結し、市町村から医療機関に対し支払われる委託料は、医療機関が市町村に対して「ワクチンの接種事業」を行うという役務の提供の対価であり、消費税の課税対象になることを示しています。
②消費税の納税義務判定
基準期間における課税売上高（消費税が課税される売上高）が1,000万円を超える場合 ⇒納税義務あり
※基準期間とは個人事業者は前々年、法人は原則前々事業年度をいいます。
③消費税の納付
コロナワクチン接種事業収入の影響により、今期の課税売上高が1,000万円を超えた場合は2期後の課税期間において消費税を納付する可能性があります（納付額の計算は2期後の課税期間における消費税課税関係の内容を基礎とします）。
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