所得税法では、社会保険診療報酬支払基金から支払われる診療報酬について源泉徴収が必要とされています。国民健康保険団体連合会から支払われる診療報酬については源泉徴収する必要はありません。
源泉徴収される金額の計算は、その月に支払われる金額から20万円を差し引いた残額に復興特別所得税を含めた10.21％を乗じて行います。例えば、社会保険の診療報酬が、400万円とすると、（400万円－20万円）✕10.21％＝387,980円が源泉徴収される金額となります。
社保の患者が多く国保の患者が少ない場合は、源泉徴収ですでに支払っている金額が多いので、確定申告で支払う納税は少なくなります（還付になることもあります）。逆に、国保の患者が多く社保の患者が少ない場合は、源泉徴収の額が少ないため確定申告において納税が多くなります。ただし、納税が多い（予定納税基準額が15万円以上）場合、翌年7月と11月に予定納税を納める必要が出てきます。
ちなみに、医療法人の場合は、社会保険診療報酬支払基金から診療報酬を受け取っても源泉徴収されないことになっています。
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