税務調査で「医師会の会費は医療法人の損金(必要経費)になるかどうか」問題になることがあります。
医師会は法人がではなく医師個人が加入しています。特に経営に役立っていないので給与に上乗せするべきだと税務職員が主張することがあります。
税務上、会費が損金 (必要経費) となるか否かは、医師会の会費に限らず「事業の遂行上必要性があるか否か」が判断基準となります｡
医師会には、医療に必要な情報を得るために入会される方が多いと思います。特に休日当番や予防活動など地域医療のほとんどが医会を通して行われますので、法人として医師会に入らざるを得ないでしょう。
医師会には法人会員という制度はありません。個人加入という形態をとっていても､実態は医療法人の加入とみてよいでしょう。 法人税基本通達 (9-7-153) では「同業団体等の会費」として、 法人がその所属する協会連盟その他の同業団体等に対して支出した会費の取扱いについて、その構成員のために行う広報活動・調査研究・研修指導・ 福利厚生その他同業団体としての通常の業務運営のために経営的に要する費用の分担額として支出する通常会費については、その支出した日の属する事業年度の損金の額に算入するといっています。
税務職員には、医療法人の負担した医師会会費の必要性について、医療現場の実情をわかりやすく説明する必要があります。
国税庁HP：会費及び入会金等の費用（https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/09/09_07_03.htm）
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